version 1.1
1.1版本的故事围绕“银河漫游”展开，讲述了玩家在星际列车上的首次冒险，主要包括探索“贝洛伯格”的冰雪世界，揭露星际列车上各角色的秘密，以及处理“反物质军团”带来的威胁。
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version 1.2
《崩壞：星穹鐵道》1.2版本的故事主線，標題為「仙骸有終」，主要講述了星穹列車組在仙舟「羅浮」的冒險最終章，揭示了丹恆的神秘過去，並迎來了與「毀滅」星核獵手幻朧的決戰。
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version 1.4
崩坏：星穹铁道》1.4版本名为“冬梦激醒” (Jolted Awake From a Winter Dream)，主要剧情围绕星际和平公司的托帕来到雅利洛-VI追讨债务，以及镜流的支线任务“云无留迹”展开。
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version 1.6
1.6版本的剧情「万物皆可寄」是主线延续任务，主要围绕着天才俱乐部成员阮·梅、黑塔和螺丝咕姆，以及来访的真理医生在空间站上的互动展开。故事发生在黑塔空间站，涉及一场因阮·梅的生物实验而导致的意外，以及真理医生借机展开的“教育”行动。
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version 2.5
崩坏星穹铁道2.5版本主线剧情主要围绕仙舟“曜青”展开，开拓者受邀参加“演武仪典”，却被卷入了关于大将军飞霄的“月狂”、狐族医士椒丘的阴谋，以及博罗族与曜青的种族冲突等复杂事件之中。
watchversion 2.6
《崩壞：星穹鐵道》2.6版本的主要故事發生在匹諾康尼，劇情圍繞著新的開拓續聞「匹諾康尼圖錄」展開。星穹列車組被邀請前往匹諾康尼的「紙上大學」參與一場學術會議，這座大學是為了慶祝「夢境人生周年紀念日」而準備的。
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Version 3.4
版本 3.4 的《崩坏：星穹铁道》中文剧情围绕着“太阳已死”这个主题展开，玩家将体验围绕“阿摩弗斯”进行的实验，该实验旨在找到和完善“毁灭方程”。故事讲述了“阿摩弗斯”通过一个名为“ eranova”（埃隆诺瓦）的实验模拟了数百万个循环，以分析和理解生命的核心驱动力以及宇宙中存在的毁灭和反有机方程。这个故事也引入了“Iron Tomb”（铁棺）这个组织，他们试图通过模拟计算来完善这个毁灭方程，并试图创造一个能杀死“太一”的强大“毁灭者”。
watchVersion 3.5
《崩坏：星穹铁道》3.5版本剧情“英雄，归于故土的宁静”围绕着开拓者和列车组在“安芙洛斯”星球上的最终决战展开，揭示了关于天才俱乐部成员、黑塔、螺丝咕姆以及星核猎手的一些重要真相。以下是故事摘要的中文版本。
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